四姑娘山地质公园地区属于全球36个生物多样性热点区域之一(中国西南山地),独特的极高山生态系统孕育了丰富的生物多样性,是中国重要的生态屏障及动植物走廊带,也是具有国际意义的陆地生物多样性的关键地区。        据初步调查和资料统计表明,四姑娘山地质公园内维管束植物共有123科536属2343种,珍稀特有种类多,其中列为国家重点保护野生植物有独叶草、红花绿绒蒿等9种。大型真菌约有103种,其中国家重点保护菌类2种,均为国家二级重点保护。        四姑娘山地质公园共有野生动物343种,其中国家一级保护野生动物有23种,二级保护野生动物55种。国家重点保护野生动物中有鸟类43种,兽类32种,两栖动物3种。